Essa microbiota não promove apenas a digestão dos alimentos, mas também influencia a imunidade local e global. Em crianças saudáveis, a flora intestinal é dominada por lactobacilos. Por outro lado, observou-se que a flora intestinal de crianças propensas a alergias apresenta um número maior de bactérias Gram-negativas e Staphylococcus aureus.

Ter uma microbiota intestinal menos desenvolvida reduz a população de algumas das células que regulam nosso sistema imunológico e possivelmente predispõe um indivíduo ao eczema.